Το κτίριο του Μουσείου είναι διώροφο και περιλαμβάνει τέσσερις (4) αίθουσες στο ισόγειο και μία (1) αίθουσα στον πρώτο όροφο. Στην έκθεση του ισογείου παρουσιάζεται αρχικά στον επισκέπτη η Προϊστορική Περίοδος με ευρήματα και εποπτικό υλικό από τον οικισμό του Αρμενοχωρίου. Υπάρχει επίσης ενημερωτικό κείμενο για την γεωμορφολογία και τη μακραίωνη ιστορία της περιοχής. Στις δύο γειτονικές αίθουσες εκτίθενται αντιπροσωπευτικά δείγματα γλυπτικής των Ρωμαϊκών κυρίως Χρόνων, ενώ στην τέταρτη το ψηφιδωτό δάπεδο που διακοσμούσε ένα ρωμαϊκό κτίριο στις Κάτω Κλεινές. Στον πρώτο όροφο τέλος υπάρχουν ευρήματα Ελληνιστικών Χρόνων από τις ανασκαφές στις Πέτρες Αμυνταίου και στη Φλώρινα (Λόφος Αγίου Παντελεήμονα). Ένα μικρό τμήμα (δεξιά) καταλαμβάνουν τα ευρήματα βυζαντινών χρόνων από τη νησίδα του Αγίου Αχιλλείου Πρεσπών.

Το Μουσείο Φλώρινας έχει οργανώσει στο παρελθόν εκπαιδευτικά προγράμματα για τον αρχαιολογικό χώρο των Πετρών (Πρόγραμμα Μελίνα), καθώς και μουσικές - θεατρικές εκδηλώσεις, βραδιά ποίησης κλπ. Το Μουσείο υπάγεται διοικητικά στη ΙΖ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων.