Κυρίαρχο ρόλο στα μνημεία της Καστοριάς καταλαμβάνουν οι 61 σωζόμενες βυζαντινές και μεταβυζαντινές εκκλησίες. Έχουν κυρηχθεί διατηρητέα μνημεία από το 1924 ώς το 1991 με κατά καιρούς είτε Προεδρικές διαταγές είτε Υπουργικές αποφάσεις. Σήμερα στέκουν ολόρθιες θυμίζοντας την εικόνα της πόλης στη Βυζαντινή και  τουρκοκρατούμενη εποχή και δηλώνουν με τον πιο απερίφραστο τρόπο το πλούσιο θρησκευτικό και πολιτιστικό υπόβαθρο της Καστοριάς.

Η Καστοριά με τις 72 εκκλησίες της είναι η μόνη πόλη στην Ελλάδα που σώζει σε μεγάλο βαθμό αδιάλειπτα τη βυζαντινή και μεταβυζαντινή μνήμη. Με εξαίρεση το Άγιον Όρος μόνο στην Καστοριά υπάρχουν φορητές εικόνες της Κρητικής Σχολής και μάλιστα πρώιμης χρονολογίας. Οι εκκλησίες, οι τοιχογραφίες,οι φορητές εικόνες και τα αρχοντικά, είναι μάρτυρες οικονομικής ακμής και πολιτισμού σχεδόν 10 αιώνες περίπου. H ανέγερση των εκκλησιών της Καστοριάς, όπως του Αγίου Γεωργίου 1085 από τον Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλέξιο Κομνηνό συνεχίστηκε από μια πλειάδα της εκάστοτε μακραίωνης τοπικής αριστοκρατίας ως κτητόρων, όπως π.χ. των Αγίων Αναργύρων και του Νικολάου Κασνίτζη. Το μοναστήρι της Μαυριώτισσας του 11ου αιώνα είναι τοιχογραφημένο και στην εξωτερική όψη, όπως συνηθίζεται στη Βόρεια Ελλάδα και στα Βαλκάνια. Στις τοιχογραφίες του ναού, επί Οθωμανικής αυτοκρατορίας, είχαν αφαιρεθεί τα μάτια από όλα τα εικονιζόμενα πρόσωπα.

Μερικές από τις βυζαντινές και μεταβυζαντινές εκκλησίες που σώζονται σήμερα στη Καστοριά είναι οι:
Η Παναγία η Καστριώτισσα, γνωστή ως Κουμπελίδικη, αρχές του 11ου αι. (1020-1025) κατά την επικρατέστερη άποψη (Krautheiemer, Wharto-Epstein) που βασίζεται στο ιστορικό γεγονός της λήξης των επιχειρήσεων (1019) για την εκδίωξη των Βουλγάρων από τον Αυτοκράτορα του Βυζαντίου Βασίλειο Β΄ Βουλγαροκτόνο. Είναι η μοναδική εκκλησία της Καστοριάς με τρούλο και η μοναδική με την απεικόνιση της Αγίας Τριάδας.

Ιερά Μονή της Μαυριώτισσας (περί τα τέλη του 11ου αι.) που προϋπήρχε της Κουμπελίδικης ως Μοναστηρικό συγκρότημα.

Χτισμένη το 1082 επί Βυζαντινού Αυτοκράτορα Αλεξίου Α΄ Κομνηνού, αυτός ο Βυζαντινός θησαυρός βρίσκεται σε απόσταση τεσσάρων χιλιομέτρων από το κέντρο της Καστοριάς, δίπλα στη λίμνη. Το καθολικό της μονής ανήκει στην κατηγορία των μονόχωρων, ξυλόσκεπων βασιλικών. Στα ανατολικά του ναού η αψίδα είναι ημικυκλική, ενώ στα δυτικά σχηματίζεται ένας ευρύχωρος νάρθηκας. Οι τοιχογραφίες που διακρίνονται στον ανατολικό τοίχο του καθολικού της μονής τοποθετούνται στο πρώτο μισό του 12ου αιώνα και η παράσταση της Δευτέρας Παρουσίας στον ανατολικό και νότιο τοίχο του νάρθηκα, στο τέλος του. Οι εξωτερικές τοιχογραφίες, που απεικονίζουν Αυτοκράτορες και τους Αγίους Δημήτριο και Γεώργιο, τοποθετούνται γύρω στο 1260. Κατά τη διάρκεια των αιώνων έχουν γίνει διάφορες επισκευές στο κτίσμα με αποτέλεσμα να καταστραφεί μεγάλο μέρος της αγιογράφησης. Πρόσφατα επέστρεψε στην μονή μια σπάνια εγχάρακτη πλάκα-τυπογραφική μήτρα που αναπαριστά την Κοίμηση της Θεοτόκου. Με αυτή την πλάκα οι μοναχοί τύπωναν γκραβούρες. Κατασκευάστηκε το 1749 στη Βιέννη για λογαριασμό της μονής, με δαπάνη του Καστοριανού Μανουήλ Τσιατλαμπάση. Στο χώρο της μονής υπάρχουν κι άλλα μεταγενέστερα κτίρια, το μουσείο κι ένα παρεκκλήσι στη μνήμη του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου.

• Ο Άγιος Στέφανος του (11ου αι.) είναι η μοναδική παλιά εκκλησία με γυναικωνίτη.
  
• Ο Ταξιάρχης Μητροπόλεως (11ου αι.)
• Οι Άγιοι Ανάργυροι (12ου αι.) είναι ο μοναδικός ναός στην Καστοριά που έχει μαρμάρινο διάκοσμο, αμφικιόνια, επίκρανα και περιθυρώματα με ποικίλα ανάγλυφα σ΄όλες τις πύλες.
  
• Ο Άγιος Νικόλαος του Κασνίτζη (δεύτερο ήμισυ 12ου αι.). Ονομάσθηκε έτσι από τον κτήτορά της μάγιστρο Νικηφόρο Κασνίτση, για να διακρίνεται από τους υπόλοιπους 11 ναούς που είναι αφιερωμένοι στον ίδιο Άγιο.
• Άγιος Αθανάσιος του Μουζάκη κοντά στη Μητρόπολη, η μικρή μονόχωρη ξυλόστεγη εκκλησία με κτητορική επιγραφή Θεοδώρου Μουζάκη.Ανειγέρθη κέ ὴνεκενίστει ἐκ βάθρου κέ κόπου κέ μόχθου ὁ θείος και πάνσεπτος ναός οὐτος... (1392)
• Ναός Αγίων Τριών (14ου αι.)
• Ναός Αγ. Νικολάου Μαγαλειού (16ου αι.)