Τα εκθέματά του δίνουν μια διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του νομού από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας. Παρουσιάζονται κατά χρονολογικές ενότητες και κατά ανασκαφικά σύνολα.

Στις συλλογές περιλαμβάνονται ευρήματα από σπήλαια, οικισμούς και νεκροταφεία μινωικών χρόνων, καθώς και αντικείμενα γεωμετρικών, αρχαϊκών, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων που βρέθηκαν στις ανασκαφές σημαντικών αρχαίων πόλεων.

Σκοπός του Μουσείου είναι η προβολή της πολιτισμικής ιστορίας του τόπου κατά τον καλύτερο δυνατό τρόπο, έτσι ώστε να αποτελεί πόλο έλξης πολλών επικσπεπτών. Στο πλαίσιο αυτό εντάσσεται και η διοργάνωση περιοδικών εκθέσεων, εκπαιδευτικών προγραμμάτων και διαφόρων εκδηλώσεων πολιτισμού, στο χώρο του Μουσείου.