Το Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης Κρήτης από το 2009 αποτελεί έναν σύγχρονο μουσειακό χώρο υψηλών προδιαγραφών, περίπου 1000 τ.μ. ο οποίος, μετά από τις εργασίες επέκτασης και πλήρους αναστήλωσής του, συμπλήρωσε την παλιά Δημοτική Πινακοθήκη «Λ.Κανακάκις» (1992) και το Κέντρο Σύγχρονης Εικαστικής Δημιουργίας (1995).

Διαθέτει μία μόνιμη συλλογή περίπου 650 έργων. Πρόκειται για έργα του Ρεθύμνιου καλλιτέχνη Λευτέρη Κανακάκι που καλύπτουν αντιπροσωπευτικά όλη τη διαδρομή της δουλειάς του και έργα σύγχρονων Ελλήνων καλλιτεχνών, καλύπτοντας ένα ευρύ φάσμα της σύγχρονης ελληνικής εικαστικής πραγματικότητας από το 1950 ως σήμερα.

Το Μ.Σ.Τ. Κρήτης, στον κεντρικό του χώρο (Χειμάρας 5), παρουσιάζει μέρος από τα έργα της Μόνιμης Συλλογής ενώ σε κάποιες από τις αίθουσες του κτιρίου ή σε εναλλακτικούς χώρους που χρησιμοποιεί, φιλοξενεί περιοδικές εκθέσεις πανελλήνιου και διεθνούς περιεχομένου. Παράλληλα πραγματοποιεί προγράμματα και συνεργασίες με φορείς αντίστοιχους στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.
Από το 1992 ως σήμερα έχουν οργανωθεί 126 εκθέσεις, μονογραφικές και θεματικές και έχουν εκδοθεί 55 κατάλογοι.
Παράλληλα κατά τη διάρκεια των εκθέσεων λειτουργούν ξεναγήσεις για παιδιά και ενήλικες.

Από το 1996, στο πλαίσιο του Εκπαιδευτικού Τομέα του Μ.Σ.Τ., δημιουργήθηκαν τα Εικαστικά Εργαστήρια (Χειμάρας 8) που απευθύνονται σε παιδιά και ενήλικες.